機能別組織（または職能別組織）とは、経営組織の構造の1つで、開発・営業・生産・人事・経理など業務内容別に編成した組織のことで、事業部制組織やマトリックス組織と並ぶ、企業における基本的な組織構造の一つです。

機能別組織は、それぞれの部署がそれぞれの機能を果たせば、結果として会社全体が組織の目的を達成できるという考え方に基づいています。

一般的な企業でよく採用されている組織形態で、単一事業で製品の種類も少なく、規模の経済が大きく働き、強力なリーダーシップを発揮できる場合に向いている組織形態といえます。